okkun-labで運用されている並列処理環境SGEについての簡易マニュアル
SGEの実態。
FedoraCore5にSunOneGrid+MPI環境をインストールしたPCクラスタ。 sge00 SGE管理、ジョブ投入ホスト sge01,02,03,04,05,06.07,08 実行ホスト
SGEクラスタの負荷状況(研究室内のみ) http://sge00.rd.fukuoka-u.ac.jp/ganglia/
アクセス
リモートアクセス用ホスト sge00.rd.fukuoka-u.ac.jp
研究室内の場合 okkun-lab(iriya)からの場合 okkun-lab% ssh sgeadmin@sge00.rd.fukuoka-u.ac.jp WindowsPCからの場合 TeraTerm+SSH で。ポート番号は通常の22番
研究室外、インターネットから 学外からは直接アクセスできないので、一度okkun-lab.rdへログインした上でSSHでどうぞ。
ログインID
ID:sgeadmin passwd:sgeadmin
作業ディレクトリ
共通利用のIDなので、作業は各自に指定された作業ディレクトリで行うこと。
ログイン後、各自の作業ディレクトリへ移動 % cd sge/WORK/ % ls % cd MYNAME % pwd で各自のディレクトリの絶対パスを確認。
環境変数の設定(毎回ログイン毎に必須)
% . /home/sgeadmin/sge/default/common/settings.sh
ジョブの実行
% qsub sample.sh
キューを指定しての実行
% qsub -q linux2 sample.sh or % qsub -q linux4 sample.sh or % qsub -q linux8 sample.sh
キューの状態確認
% qstat or % qstat -f
キューからのジョブの削除
指定のjob_noのみ % qdel job_no すべてのジョブ % qdel -u sgeadmin